ルーツについてはいろいろな説がありますが、他の日本犬とは明らかに異なっており、ほかの日本犬が朝鮮半島系列ですが、北海道犬は琉球犬とDNAが似ていて、東南アジア系ではないかとの研究結果があります。　

東北地方のマタギ犬が祖先とされ、縄文時代あたりにアイヌ民族が北海道へ渡る際に一緒に北海道にやってきた、というのが有力で、ほかにサハリン方面からオホーツク文化と一緒にやってきた犬が混ざっているといわれます。

アイヌ犬とか、セタと呼ばれ、古くからアイヌ民族とともに生活してきました。